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土壤是一个开放的系统，也是不均匀的介质。污染物进入土壤后，会重新分布各种物理、化学和生物过程。虽然到达土壤表面的污染物主要分布在土壤表面，但重金属主要被粘土矿物吸附，因此后续分布受粘土矿物分布的影响，因此主要土壤质地的差异将对土壤样品的收集产生显著影响。
有专业人士做过这样的实验:随机选择1亩土壤性质变化不大的地块9个样点，分别采集9个结果表明，样品之间的方差是平行样品的6倍，是仪器读数的73倍，这表明误差很大。
误差是不可避免的，但可以减少，那么如何减少采样误差呢?
根据土壤类型和作物种植品种分布，根据土壤肥力高、中、低分别采样。一般150-300亩(不同地区可根据情况确定)采用耕层混合样品，每个示范村至少采集3-4个混合农化土样品。采样点以锯齿形或蛇形分布，应尽可能均匀随机。采样地块和采样点应用土壤底图确定，并在图上标注，确定调查采样路线和方案。
采样深度根据耕层厚度确定，采样深度一般为0-20cm。
骨干农化土样采集的地点和时间应尽可能与第二次土壤普查中土壤骨干农化样所代表的土壤面积一致，以比较土壤养分前后的变化。土壤样品采集时间也与第二次土壤普查时土壤骨干农化样品采集时间一致。第二次土壤普查采集时间无法查明的，秋收后冬播施肥前统一采集。
农化土样采用多点混合土样采集方法，每个混合农化土样由20个样点组成。样点分布范围不少于3亩(各地可根据情况确定)。每个点的取土深度和重量应均匀，土样上下比例应相同。采样器应垂直于地面，入土至规定深度。采样采用不锈钢、木材、竹子或塑料器具。样品处理、储存等过程不得接触金属器具和橡胶制品，以防污染。
此外，在土壤采样过程中，对具体问题进行了具体分析，并根据不同的目的和污染物的性质采取了各种相应的采样对策，以确保采样误差小化。土壤采样过程中土壤检测的重要环节，采样的准确性极大地影响了检测结果和土壤修复方法的确定，不容忽视。
